15-4-2005 (BL)     

                                            

                  PROGRAMME « LISTES » (EXPLOITATIONS)

 

NB : Des renseignements concernant les auteurs, l'organisation en répertoires et les fichiers de paramétrage figurent dans la notice du programme "saisie"

          

Le programme "listes" sert à exploiter les dossiers créés par le programme "saisie".

Les exploitations de base permettent de :

- constituer des listes

- réaliser des statistiques (avec graphiques)

- imprimer une série de dossiers

- créer ou compléter des nouvelles bases

- visualiser les images sélectionnées

- faire défiler automatiquement des images

- rechercher des dossiers possédant tel mot dans les textes libres

- rechercher des dossiers possédant tel mot dans les légendes des images

- rechercher et marquer des doublons

 

Des fonctionnalités sont un peu à part :

- transformer sous SESIM un fichier Excel

- intégrer automatiquement une série de textes

- associer automatiquement une série d'images

- intégrer automatiquement des données dans les questionnaires

 

Les exploitations de base peuvent être précédées d'un marquage des doublons et d'une sélection multi-critères

 Selon le paramétrage de SESIM (par ex : absence d'images), les fonctionnalités non concernées et non opérationnelles apparaissent en grisé.

 

 Conditions générales

 

- choix éventuel de dates (sélection entre ces bornes)

(une touche permet d'obtenir la date finale égale à la date initiale)

- choix éventuel de numéros (sélection entre ces bornes)

- choix du type de sélection : aucune (par défaut), nouvelle ou définie précédemment par un standard construit par l'utilisateur

 

 Sélection multicritères

 

- On choisit la(es) variable(s) en cliquant dessus : par ex les actes à sélectionner, les demandeurs choisis..

Un écran sert aux données générales, un autre pour celles du(des) questionnaire(s).

 

- Pour le questionnaire, des opérateurs booléens (ET, OU, NON) permettent de combiner les sélections. Les sélections portent au choix sur la présence :

- d'un questionnaire

- d'une réponse (quelconque) à une question

- d'une réponse (définie) à une question

- d'une réponse entre 2 bornes (donnée quantitative)

- d'un mot (chaîne) dans une variable de type texte

  

La sélection peut être enregistrée (standard).

 

Exploitations

 

1) LISTES

 

   Il y a 2 types de listes possibles :

      - liste courante (ou standardisée)

      - liste paramétrable (ou adaptable)

Dans le dernier cas, on choisit les éléments de la liste en définissant la place pour chacun d'eux (ex 3 signifie qu'on

réserve 3 caractères pour la variable). Si le nombre est >5, les libellés sont indiqués en clair, sinon on obtient le code.

 

Les listes peuvent être triées ou non : tri alphabétique, par date de naissance, par service,..

Les données peuvent être rangées dans un ordre variable.

On clique sur le bouton nommé "rang".

Une fenêtre apparaît avec l'ordre des variables. On peut modifier cet ordre(intercaller par ex).

La structure de liste peut être enregistrée (standard).

 

2) STATISTIQUES ET GRAPHIQUES

 

On peut dénombrer (nombre et pourcentage):

- les données générales : origine, service, sexe, code postal, département...

- les données médicales : diagnostics (CIM9 ou CIM10), actes (CdAM ou CCAM)

- les données du questionnaire

 

Sur le questionnaire, on peut obtenir :

a) des statistiques simples (une variable) :

- dénombrement, fréquence et intervalle de confiance pour les variables liste

- moyenne, écart-type, min et max, médiane.. pour les variables quantitatives ainsi que l'histogramme d'une variable sélectionnée.

b)des statistiques croisées (deux variables) :

- dénombrement avec test du Chi2 pour les variables liste

- régression et corrélation pour les variables quantitatives

- analyse de la variance (un facteur, deux facteurs)...

 

On peut visualiser la plupart des statistiques à l'aide de graphiques : histogrammes, camemberts, nuages de points..

(utilisation de "Tee-Chart Pro" intégré - il permet de modifier le graphe, d'ajouter des légendes,..)

 

NB : Les résultats (listes, statistiques) sont mis dans un fichier texte qui est affiché ; il peut aussi être imprimé ou exporté (possibilité de récupération sous Excel par ex)

 

Il existe un fichier d'aide spécifique pour les statistiques et les sélections.

 

3) CALCULATRICE ET CALCULS DIRECTS

 

On peut réaliser directement différents calculs dont plusieurs tests statistiques :

- test de comparaison de 2 échantillons indépendants définis par effectif (n), moyenne et  soit écart-type (pondération en n), soit écart-type estimé (pondération en n-1)

Le programme détermine le t de Student-Fisher (comparaison des 2 moyennes) et le F de Snedecor (comparaison des 2 variances) avec les "p" correspondants.

- test t multiple protégé de comparaison des moyennes 2 à 2 après une ANVA à un facteur significative. On fournit la variance résiduelle de l'ANVA, le nombre de séries, l'effectif total et pour les 2 séries étudiées leurs 2 moyennes avec les effectifs. Le programme indique les moyennes significativement différentes.

- intervalle de confiance à 95% d'une fréquence (approximation normale).

- test de comparaison de 2 fréquences indépendantes définies par effectif et fréquence.

Le programme détermine l'écart-réduit avec le "p" correspondant.

- test du Chi2 d'indépendance avec le "p" correspondant.

Si le tableau est à 2 lignes et 2 colonnes (1 degré de liberté), le programme calcule le Chi2 avec la correction de Yates. Il détermine aussi l'odds ratio (OR) avec son intervalle de confiance à 95%, le Kappa (utilisé dans les études de concordance)

et si les effectifs sont faibles (n<40) et le "p" du Chi2<10%, le test des probabilités exactes de Fisher. 

- test de la significativité du coefficient de corrélation linéaire.

On fournit l'effectif et le coefficient. Le programme se ramène à une loi de Student, détermine le t de Student avec le "p" correspondant.

- test de comparaison de 2 coefficients de corrélation linéaire.

On fournit l'effectif et le coefficient de chaque échantillon. Le programme détermine l'écart-réduit avec le "p" correspondant.

- calcul du nombre de sujets nécessaires dans 2 groupes (effectifs identiques) pour :

        - comparaison de fréquences (test unilatéral)

        - comparaison de fréquences (test bilatéral)

        - comparaison de moyennes (test unilatéral)

        - comparaison de moyennes (test bilatéral)

L'effectif est fourni pour les risques alpha et beta = 5%

On propose ensuite un risque beta égal à 10, 20 ou 50%.

- détermination d'une valeur d'un tableau.

On choisit le fichier, on tape le numéro de ligne et celui de colonne.

Le programme fournit la valeur correspondante.

Le fichier (texte) doit être construit ainsi :

  - 1ère ligne : nombre de lignes

  - 2ème ligne : nombre de colonnes

  - lignes suivantes : valeurs du tableau (une par ligne)

       valeur de la 1ère ligne, 1ère colonne

       valeur de la 1ère ligne, 2ème colonne,... 

- valeur d'un polynôme.

On saisit le degré du polynôme (de 1 à 4), ses coefficients.

Puis la valeur de la variable. Le programme affiche la valeur de la fonction.

 

NB : des informations sur l'emploi des tests figurent souvent après les résultats

     

4) DOSSIERS, MAILS

 

On peut imprimer une série de dossiers ; on peut associer avec une sélection (par exemple tous les dossiers achevés).

Si un e-mail est prévu pour un correspondant (voir plus loin les conditions), celui-ci a lieu en même-temps.

On peut n'envoyer que les mails (sans les dossiers, par ex pour desdossiers inachevés) en cliquant sur la touche "Mail" du menu initial.

L'envoi de mail a lieu si le correspondant a une adresse électronique indiquée (avec un @)et la valeur 1 dans le champ "envoi").

 

5) IMAGES

 

On peut visualiser des images ; on peut associer avec une sélection à partir d'un questionnaire.

On peut faire apparaître à coté de l'image les données du questionnaire.

On peut masquer ou non le texte associé à l'image.

L'image peut être mise sous différentes formes : réelle, ajustée.

On peut modifier le questionnaire.

 

6) RECHERCHE DANS LES TEXTES

 

On peut rechercher un mot dans les textes libres ; on peut associer avec une sélection à partir d'un questionnaire.

Quand la recherche est positive, il apparaît le texte avec le mot indiqué en rouge. Au-dessus, est visualisé le dossier sélectionné.

On peut activer les liens qui existent (mot en bleu souligné. Il faut d'abord le marquer puis l'activer.

On peut faire apparaître l'image.

Un bouton nommé dans autre base permet d'enregistrer le dossier dans une autre base dont le répertoire est défini par le contenu du fichier chemin_autre_base.txt (par défaut c:\basex).

Les images (ou une seule définie par son numéro) peuvent aussi être recopiées dans une autre base ; pour cela il faut créer le fichier chemin_sauve_image.txt et indiquer dedans le chemin de ce répertoire.

On peut modifier le questionnaire. 

 

7) RECHERCHE DANS LES LEGENDES DES IMAGES

 

On peut rechercher un mot dans les légendes des images ; on peut associer avec une sélection à partir d'un questionnaire.

Quand la recherche est positive, il apparaît l'image avec le texte recherché.

Un bouton nommé dans autre base permet d'enregistrer le dossier avec ou sans les images (voir ci-dessus) dans une autre base.

On peut modifier le questionnaire (nouveauté version 10).

 

8) DOUBLONS

 

On peut rechercher les doublons et les marquer.

Ensuite, on peut ne pas en tenir compte en indiquant dans la sélectionmulti-critères "exclusion des doublons".

Cette façon de procéder permet de n'étudier que les individus quelque soit leur nombre de venues.

 

9) STATISTIQUES DES ACTES PAR CATEGORIE

 

Ce programme particulier de statistiques sert dans la version LABO

Il nécessite que les actes soient rangés par catégorie dans un fichier ACT1.TXT (si CdAM) ou ACT1_CCAM .TXT (si CCAM)(fichiers sous Fic1).

Chaque chapitre est constitué de la même manière

         - 1ère ligne : *

         - 2ème ligne : titre du chapitre

         - lignes suivantes : codes et libellés (un espace entre)

 

Ex partiel d'un fichier ACT1.txt utilisé en Médecine Nucléaire

 

   --------------------------------------------------------------

     *

               EXAMENS THYROIDIENS

     B526 Scintigraphie thyroïdienne

     U150 Fixation thyroïdienne

     B215 Echographie thyroïdienne

     B625 Balayage I131

     *

               SCINTIGRAPHIES PULMONAIRES

     K977 Scintigraphie pulmonaire de perfusion

     K978 Scintigraphie pulmonaire au ventilation

   --------------------------------------------------------------

 

Le programme croise les actes et une autre variable choisie : origine, sexe, département, service

Pour chaque acte et pour chaque modalité de la variable, il calcule le nombre d'actes.

Pour chaque catégorie, il détermine aussi le nombre de sujets, le nombre d'actes et les cotations (le nombre de sujets diffère du

nombre d'actes quand on saisit plusieurs actes d'une même catégorie : ex scinti et echo de la thyroïde).

Un cumul global est réalisé.

Pour les services sélectionnés, il peut s'agir de services seuls ou d'association.

Ces regroupements sont précisés dans des fichiers (sous Fic1) que l'on appelle.

 

Ex de fichier nommé "Acte_Service1.txt"

 

[Med E] 1

[HGE] 2

[Hemato] 4

[Nephro] 7

[Med H] 9

[Rhumato] 6;28

[Cardio] 15;26;27

[Med Inf] 21;22;23;24

[Chir inf] 42;43

 

NB : Maximum de lignes par service=10

Libellé du service (ou de l'association) entre []

Si association, services séparés par ;

 

------------------------------------------------------------------------------

 

Les programmes suivants sont un peu à part.

 

10) IMPORTATION D'UN FICHIER EXCEL DANS SESIM

 

Le fichier Excel doit être transformé en fichier texte (avec séparateur /) avec en première ligne les libellés des colonnes et en lignes suivantes les données.

On peut rattacher ou non le questionnaire à des dossiers existants.

Les deux fichiers caractérisant le questionnaire sous SESIM sont créés.

Il existe un fichier d'aide spécifique.

 

11) AJOUT AUTOMATIQUE D'UNE SERIE DE TEXTES

 

Les textes à intégrer doivent être stockés dans un répertoire nommé Textes. Les fichiers sont de type texte ou RTF.

Ils sont nommés xxxxxxxx ou xxxxxxxx.aaa ; xxx est le nom du sujet auquel il doit être associé (8 caractères max).

aaa est le prénom (3 caractères). Le suffixe aaa est facultatif mais permet une recherche plus fine.

La recherche se fait sur un certain nombre de dossiers à partir du dernier (500 par défaut - valeur modifiable).

Si plusieurs dossiers sont définis par le même nom, ils sont affichés avec le texte correspondant et l'utilisateur sélectionne celui qui convient.

 

12) AJOUT AUTOMATIQUE DES FICHIERS D'IMAGES

 

Cette fonctionnalité a été mise au point pour la médecine nucléaire

Les images sont au format DICOM (xxx.DCM)

Elles sont transférées à partir d'une station de travail (SOPHA) vers le Pc dans un répertoire c:images.

Le programme EZDICOM.exe (adapté par JM ESCAYE) les renomme à partir des i nformations associées dans l'image (nom, prénom, type d'examen, date, heure) ; il renomme les images en faisant figurer dans le nouveau nom, le nom, le prénom, la date et un numéro d'image et les recopie dans un autre répertoire (défini par le chemin contenu dans le fichier chemin_ajout_image.txt).

Pour chaque fichier image, il crée un fichier texte (même nom mais avec le suffixe .TXT)

 

La recherche se fait sur un certain nombre de dossiers à partir du dernier (500 par défaut - valeur modifiable).

Quand le lien existe entre dossier et image, un enregistrement dans la base image est construit : le nom de l'image est recopié ainsi que le texte du fichier texte. Ce dernier devenu inutile est détruit, l'image est alors archivée dans un troisième répertoire (défini par le chemin contenu dans le fichier chemin_image.txt) et détruite dans le répertoire intermédiaire (dans celui-ci

demeurent les images qui n'ont pas de correspondance avec la base). 

 

13) AJOUT AUTOMATIQUE DANS UN QUESTIONNAIRE PAR FICHIER

 

Le fichier est un fichier texte (donnees.ant) qui comprend par ligne :

- le numéro du dossier

- le séparateur /

- les valeurs à intégrer dans le questionnaire séparées par /

Ex avec 2 variables (définies par leur rang dans le fichier rang.ant)

    fichier rang.ant

     27

     30

    fichier donnees.ant

     1/12/20

     3/15/30

    après exécution, le dossier 1 a la valeur 12 en variable no 27 et 20 en variable no 30